「与薬に関する主治医意見書」を医師に作成してもらうことは、自由診療にあたりますので、保険が適用されません。よって、費用が発生します。
費用に関しましては、それぞれの医療機関で金額が異なりますので、かかりつけ医にお尋ねください。

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【関連リンク】
園における薬の取り扱いについて
https://www.city.kobe.lg.jp/a65174/business/annaitsuchi/hoikujigyo/hoiku_kusuri.html