登録のために必要な手続きですので、問題ありません。
神戸市Web口座振替受付サービスでは、口座情報の照合を行うため、利用する金融機関の申込画面に移動します(金融機関の申込画面はそれぞれの金融機関が管理しているシステムの画面です。)。
金融機関の申込画面では、口座情報の照合(本人確認)を行うために暗証番号などの入力が求められることがありますが、登録のために必要な手続きです。紙で口座振替登録を行う際のお届け印に代わるもので、方法は金融機関によって異なります。
なお、神戸市には金融機関の照合が完了した口座情報(金融機関名、支店名、預金種目、口座名義人、口座番号)のみ提供されますので、暗証番号などを神戸市が知ることはありません。
【関連リンク】
公会計化制度の概要は、学校給食の公会計化のページをご確認ください。