事業所税は、申告納付（事業者の自主的な申告に基づいて納付する税金）ですが、申告期限までに申告書の提出がない場合は、市が調査した結果によって、申告すべき課税標準および税額を決定することがあります。ただし、申告期限後であってもこの決定の通知があるまでは、申告納付することができます。
申告納付期限後に納付する場合は、申告納付期限の翌日から納付の日までの期間に応じて延滞金がかかります。
申告書の提出期限までに申告がない場合には不申告加算金※が、申告した税額が過少であった場合には過少申告加算金※が課されます。

※不申告加算金

市長が税額を決定した等の場合、原則、税額の15％相当額の不申告加算金が課されます。

※過少申告加算金

期限内に申告書を提出した場合で、その後当該申告税額が過少であるため市長が更正したとき、または修正申告書を提出したときは、原則、増加税額の10％相当額の過少申告加算金が課されます。