確定申告の提出のために発行（再発行）はできません。
住宅用家屋証明書は、住宅取得時の登記の際に登録免許税の軽減措置を受ける場合のみ発行可能です。
住宅取得時の登記がお済みの場合は、すでに発行し法務局に提出されている可能性がありますので、提出先の法務局にお問い合わせください。