納付書分についても支払の必要があります。
複数の種類の所得がある場合、年間の市県民税額全体を、法定の基準に沿って、給与からの引落し（特別徴収）、年金からの引落し（年金特別徴収）、納付書等でのお支払い（普通徴収）に分けています。その合計額が、年間で納める税額と一致しますので、二重にはなりません。