所得税の場合、所得よりも所得控除が大きければ、税額は0になります。一方、住民税（市県民税）においては、所得控除の多い少ないにかかわらず、一定額以上の所得があれば、定額により均等割（年税額6,200円）が課されるため、所得税及び住民税（市県民税）所得割の納税義務がない方についても、住民税（市県民税）の均等割のみ課税されることがあります。

また、他の要因としては、所得税と住民税（市県民税）での所得控除の違いが挙げられます。所得税における所得控除額の方が、住民税（市県民税）における所得控除よりも大きくなっています。よって、所得税においては所得控除が上回っていても、住民税（市県民税）においては下回るため課税の対象となる金額が残り、所得割と均等割を課税されることがあります。
詳しくは、住民税（市県民税）とはをご確認ください。