給与所得者異動届出書を、従業員の当該年度1月1日時点の居住地の市町村へ提出してください。
なお、翌年度の給与支払報告書を提出した後に退職し、当該年度と翌年度の課税市町村が異なる場合は、両方の市町村に給与所得者異動届出書の提出が必要です。
（手続きのページ）
https://www.city.kobe.lg.jp/a35984/kurashi/tax/tokucho_idoutodokedesyo.html